主な合併症はカリニ肺炎、カポジ肉腫、サイトメガロウイルス感染症、食道カンジダ症、サルモネラ菌血症、カンジダ口内炎、ヘルペス感染症、HIV脳症、クリプトコッカス髄膜炎、痴呆症、網膜炎などがあげられますが、この他にもじつにさまざまな合併症があります。